Názory na to, jak dlouho by se měla kombucha nechat „pracovat“, se různí. Záleží totiž na tom, zda více preferujete chuť nápoje či jeho účinky na zdraví. Pokud vám jde více o chuť, můžete nápoj slít už po 3 dnech, tehdy se podobá jemnému šumivému vínu. Ovšem v této době obsahuje jen málo užitečných kyselin. Nejvhodnější doba kvašení je 7 - 10 dní. Pak je sice nápoj poměrně kyselý, avšak obsahuje už dost organizmu prospěšných kyselin. Pokud vám jeho kyselost bude připadat přílišná, můžete ho před vypitím zředit minerálkou. Co se týče maximální doby kvašení, tu nikdo neurčil, ovšem pokud nemáte přímo v úmyslu vyrábět kombuchový ocet, je zbytečné nechávat houbu v nápoji déle než 10 - 12 dní.
Pití kombuchového nápoje není v zásadě omezené ani věkem, ani zdravotním stavem člověka - je vhodný prakticky pro každého. Negativní účinky se objevují hlavně u lidí, kteří s pitím kombuchového nápoje začínají. Nejsou nijak vážné - obvykle jde o nevolnost, pálení žáhy či střevní problémy. Příčin může být několik - důsledky pročišťování organizmu, přílišná stimulace imunitního systému nebo překyselení žaludku. Těmto potížím se dá zabránit vyšším příjmem tekutin, pitím menšího množství kombuchového nápoje nebo pitím nápoje zároveň s jídlem. Jednou z možností je ale také alergická reakce. Jinak se kombuchovému nápoji nic vytknout nedá, jedině snad poměrně vysoký obsah kofeinu v zeleném nebo černém čaji, ze kterého se nápoj vyrábí.
Co se týče množství vypitého nápoje, nejčastěji se doporučuje vypít 2 nebo 3 sklenice denně, a to nejlépe jednu sklenici ráno nalačno, jednu před či po obědě a jednu nějakou dobu před spaním (ráno organizmus potřebné látky dobře vstřebá a v poledne a večer organické kyseliny pomohou při trávení). Samozřejmě je možné vypít denně i větší množství nápoje, zvláště při horším zdravotním stavu. Vždy však mějte na paměti, že všeho se má užívat s mírou.
Pokud se uživateli zdá samotný nápoj příliš silný, doporučuje se naředit džusem nebo zeleným čajem, může se dochucovat například i medem, citronem apod. Pije se jak chlazený, tak i ohřátý. Obsahuje jen malé procento alkoholu a je proto vhodný i pro děti.
Nápoj se také s úspěchem používá pro snižování nadváhy (to se ale pije půl hodiny před jídlem).
Aby bylo dosaženo blahodárného účinku na zdraví, je třeba užívat nápoj dlouhodobě. Někdy se pozitivní účinky dostaví po krátké době, jindy až po několika měsících či dokonce po roce či dvou, záleží na druhu onemocnění a organizmu toho kterého člověka.
Je vhodné dělat v pití přestávku (1 týden za 1 - 3 měsíce nebo 1 měsíc za 6 měsíců), jinak si organizmus navykne a nápoj ztratí na účinku.