Stane se, že budete potřebovat z nějakého důvodu přípravu nápoje přerušit. V tom případě je nejlepší nechat ji v nádobě s trochou kombuchového nápoje a dát ji na chladné místo. Lze ji dát i do ledničky, v tom případě pro její uchování použijte zavařovací sklenici, kterou uzavřete víčkem. V chladnu houba vydrží minimálně 3 - 4 týdny, spíše ale několik měsíců. Kvas, ve kterém ji necháte, bude po této době velmi kyselý, můžete ho proto použít jako jedlý ocet či jako přídavek do nového čaje pro kombuchu.
Houbu lze i zmrazit. Nízké teploty jí neuškodí, při zmrazování je ale třeba dbát na to, aby nebylo příliš pomalé - potom by se vytvořily ledové krystaly, které by porušily stěny buněk, což by znamenalo poškození houby. Proto je vhodné postupovat tak, že mrazák dáme na nejvyšší stupeň, necháme ho „předmrazit“ a pak uložíme dovnitř houbu, nejlépe v mikrotenovém sáčku (sklenice by mohla prasknout). Kombuchu rozmrazujeme tak, že ji dáme do čerstvého živného roztoku. Je třeba počítat s tím, že houba potřebuje určitý čas, než se „probere“ a její životní procesy se zrychlí na normální úroveň. Proto se bude zprvu jevit jako „mrtvá“, kterýžto stav může trvat 14 dní i déle. Houba, která prodělala proces chlazení v ledničce či mrazáku, bývá bělejší, silnější a pevnější.
Existuje i naprosto odlišný způsob uchování kombuchy, a to sušení. Jen je třeba dbát na to, aby byla sušena v pokud možno čistém prostředí, aby se na jejím povrchu neusadilo příliš nežádoucích druhů kvasinek či jiných mikroorganizmů. Mimochodem, víte, že usušená kombuchová masa se používá k výrobě umělé kůže?